Στόχος του ΟΠΕΚΕΠΕ ως Οργανισμού Πληρωμών είναι να καταβάλλει έγκαιρα , σωστά και με διαφάνεια τις αγροτικές ενισχύσεις που χορηγούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση στον γεωργικό τομέα.
Αφορούν πληρωμές σε σχέδια βελτίωσης, νέων αγροτών 2014-20, υποδομές που σχετίζονται με την ανάπτυξη, τον εκσυγχρονισμό ή την προσαρμογή της γεωργίας και δασοκομίας, μέτρο 16 κ.α.