Το να ακολουθεί κάποιος καλλιεργητής, κτηνοτρόφος ή αλιέας την βιολογική ή ολοκληρωμένη μέθοδο παραγωγής δεν αρκεί , αλλά χρειάζεται και την απαραίτητη πιστοποίηση προκειμένου να μπορεί να τεκμηριωθεί ότι τα προϊόντα έχουν παραχθεί σύμφωνα με κάποια εθνικά ή διεθνή αναγνωρισμένα πρότυπα.
Στην ουσία η πιστοποίηση είναι η διαδικασία που ακολουθείται ώστε να αποδειχθεί ότι ένας παραγωγός ή μια ομάδα παραγωγών πληροί τα κριτήρια τα οποία ορίζονται από διεθνείς ή κρατικούς οργανισμούς. Την πιστοποίηση αναλαμβάνουν εγκεκριμένοι φορείς της Ελλάδας ή του εξωτερικού, οι οποίοι αξιολογούν και ελέγχουν σε ετήσια βάση (ή και συχνότερα) κατά πόσο τηρούνται τα όσα προβλέπονται από τα πρότυπα της ολοκληρωμένης διαχείρισης, της βιολογικής γεωργίας και κτηνοτροφίας ή της βιοδυναμικής αντίστοιχα.
Σε περίπτωση που η γεωργική εκμετάλλευση εφαρμόζει τους απαραίτητους κανόνες, τότε χορηγείται πιστοποιητικό από τον αρμόδιο φορέα πιστοποίησης που ακολουθεί το προϊόν σε όλες τις φάσεις παραγωγής μέχρι τον καταναλωτή.