Η ίδρυση του ΕΦΕΤ το 1999 έγινε με σκοπό να ανασυγκροτηθούν και να ενοποιηθούν οι πολυδιασπασμένοι και ελλειμματικοί ελεγκτικοί μηχανισμοί και να αρθεί η διάχυση των ελέγχων .
Τα λάθη στους δασικούς χάρτες και στην επανοριοθέτηση των μειονεκτικών περιοχών για τη λήψη της εξισωτικής αποζημίωσης, που επιφέρουν απώλεια ενισχύσεων σε χιλιάδες αγρότες και κτηνοτρόφους.