Ταυτόχρονα, σοβαρές ανησυχίες εγείρονται και για το κόστος εφαρμογής, το οποίο φαίνεται να μετακυλίεται σε μεγάλο βαθμό στους ίδιους τους κτηνοτρόφους.
Η Επιτροπή σημειώνει επίσης ότι η προσέγγιση αυτή συνάδει με την αρχή της προφύλαξης και προβλέπει σύστημα παρακολούθησης των επιπτώσεων μετά την κυκλοφορία των προϊόντων.
Ενδεχόμενη αρνητική αξιολόγηση από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή μπορεί να οδηγήσει ακόμη και σε αναστολή πληρωμών ή επιβολή δημοσιονομικών κυρώσεων, με άμεσες συνέπειες για το εισόδημα των αγροτών και τη βιωσιμότητα του πρωτογενούς τομέα.
